Крымский сельскохозяйственный институт имени М. И. Калинина являлся одним из крупнейших вузов в области подготовки специалистов для сельского хозяйства на юго-западе СССР. В 1961 году было принято решение о переносе института с территории «Салгирки» на земли совхоза «Коммунар», где началось создание учебно-опытного хозяйства. С 1966 года здесь начал функционировать учебный городок – поселок городского типа «Научное» (впоследствии пгт. Аграрное). Значимую роль в укреплении материальной базы института сыграли его руководители: доценты А. М. Лукьянченко, Я. И. Рязанов, В. Ф. Пономарев.
Строительство учебного комплекса, развитие материальной базы, оснащение института лабораторными приборами и другим оборудованием учебного фонда осуществлялось опережающими темпами. Умелые управленческие решения по выполнению графиков использования капиталовложений позволили привлекать дополнительные финансовые средства во вторую половину года, за счет ресурсов, не осваиваемых другими вузами страны. На территории учебного городка постоянно функционировала строительная организация, ровесник вуза – ПМК – 40.
Все годы при вузе действовали студенческие строительные отряды. Ежедневно в работах было задействовано до 125 студентов. Не менее трудоемкими были работы по созданию и уходу за зелеными насаждениями учебного городка и заложенного сотрудниками вуза парка, в котором было собрано 300 пород и видов растений, характерных для предгорной зоны Крыма.
Переход учебного заведения на новую учебную базу создал условия для более эффективной подготовки научных кадров. Были созданы опытные поля и участки, где кафедры общего земледелия, растениеводства, агрохимии, овощеводства, плодоводства, виноградарства получили возможность для закладки опытов и проведения научных исследований. В институте была создана межкафедральная лаборатория, в которой ученые могли проводить исследования на современной базе, используя методы пламенной фотометрии, бумажной и тонкослойной хроматографии, спектральной фотометрии, электронной микроскопии. Уже к 1970 году подготовка кадров через аспирантуру велась по десяти специальностям. На каждой второй кафедре вуза готовились научно-педагогические кадры, не только для института, но и для других вузов и научно-исследовательских учреждений Крыма и различных регионов страны.
Открывались новые факультеты. В 1965 году был организован первый в Крыму экономический факультет. С 1966 года функционировал факультет переподготовки и повышения квалификации руководящих кадров, специалистов системы агропромышленного комплекса, руководителей и специалистов государственных предприятий, учреждений и организаций, где проводилось обучение по вопросам охраны труда и повышения квалификации специалистов предприятий агропромышленного комплекса. В 1976 году после двадцатилетнего пребывания в составе Днепропетровского сельскохозяйственного института в симферопольском вузе восстановил работу факультет механизации сельского хозяйства. Было создано подготовительное отделение (в т. ч. для иностранных граждан), на котором в разные годы обучалось до 500 слушателей.
Существенные положительные изменения в жизни Крымского сельскохозяйственного института произошли в период с 1984 по 2014 годы во время руководства учебным заведением Михаилом Михайловичем Мельниковым. В 1986 году в вузе начал работу факультет ветеринарной медицины. Из 103 сельскохозяйственных учебных заведений аграрного профиля СССР Крымский сельскохозяйственный институт имени М. И. Калинина неизменно входил в десятку лучших. За заслуги в подготовке высококвалифицированных специалистов сельского хозяйства и развитие науки Указом Президиума Верховного Совета СССР от 2 декабря 1981 года институт был награжден орденом «Знак Почета». Важным событием, подтвердившим авторитет Крымского ордена Знак Почета сельскохозяйственного института, стало проведение в 1991 году на его базе Всесоюзного совещания заведующих кафедрами земледелия и растениеводства сельскохозяйственных вузов СССР.
Новая страница в жизни учебного заведения открылась в 1995 году, когда начались работы по преобразованию института в университет. Подготовительный период занял несколько лет. В 1997 году Крымский сельскохозяйственный институт имени М. И. Калинина был преобразован в Крымский государственный аграрный университет. В этом же году в состав вуза вошли Прибрежненский совхоз-техникум и Крымский техникум гидромелиорации и механизации сельского хозяйства. Спустя пять лет, в 2002 году к ним присоединился Крымский агропромышленный колледж и его филиал – Бахчисарайский строительный техникум.
Распад Советского Союза и переход от плановой экономики к рыночной, поставил перед вузом важнейшую задачу – реорганизации учебных планов с учетом требований времени. С этой целью было налажено взаимодействие с ведущими европейскими вузами. В 1999–2003 годах университет принимал участие в общеевропейском проекте TEMPUS–TACIS «Качество продуктов питания: от почвы к потребителю». Во время работы установилось тесное сотрудничество с Национальным аграрным университетом (Киев), Берлинским университетом имени Гумбольдта (Германия) и Гентским университетом (Бельгия).
С учетом полученного опыта началась подготовка кадров в области переработки сельскохозяйственных продуктов (доведения до потребителя в виде круп, макарон и зерна, творога, масла, кефира, йогуртов из молочной продукции, вина и соков из винограда и фруктов). В 1998 году был осуществлен набор студентов – будущих инженеров-технологов по технологиям бродильных производств и виноделия. В 2000 году началась подготовка инженеров-технологов по технологии жиров и эфирных масел, технологии хранения, консервирования и переработки молока. Благодаря открытию новых направлений в 2001 году был создан технологический факультет. В это же время в Крымском государственном аграрном университете открыли специальности «Землеустройство и кадастры», «Геодезия и дистанционное зондирование». Начал работу факультет лесного, садово-паркого и охотничьего хозяйства.
Успехи вуза не остались незамеченными. В 2003 году высшее учебное заведение было преобразовано в Крымский государственный агротехнологический университет (КГАТУ). Спустя год университет вошел в состав Национального аграрного университета Украины как автономное структурное подразделение – Южный филиал «Крымский агротехнологический университет» Национального аграрного университета. В 2008 году вуз получил название «Южный филиал Национального университета биоресурсов и природопользования Украины «Крымский агротехнологический университет»».
В начале XXI века учебное заведение было флагманом высшего аграрного образования на юге Украины, носителем и выразителем наук о жизни, биоресурсах (биомногообразии) в неразрывной взаимосвязи с вопросами защиты окружающей среды. За годы совместной деятельности с Национальным университетом биоресурсов и природопользования Украины в учебном заведении увеличилось количество специальностей с 16 до 25, возрос конкурс среди поступающих, увеличилась численность магистрантов.
Одним из приоритетных направлений деятельности являлось создание непрерывного образования. С этой целью проводилась интеграция профессиональных средних и высших учебных заведений, научных учреждений и производственных предприятий Крыма. На базе вуза в 1994 году был организован учебно-научно-производственный комплекс (УНПК), в состав которого входили: Крымский агропромышленный колледж, Крымская опытная станция садоводства, Институт винограда и вина «Магарач», Государственный Никитский ботанический сад, Каховский совхоз-техникум пищевой промышленности, Крымский техникум гидромелиорации и механизации сельского хозяйства, Бердянский техникум пищевой промышленности, Прибрежненский совхоз-техникум, институт «Укргипросад», Симферопольский техникум пищевой промышленности. В 1997 году в рамках УНПК Институт винограда и вина «Магарач» и университет создали совместную кафедру виноделия и зонального виноградарства. Создание УНПК позволило повысить эффективность практической подготовки специалистов различных профилей за счет наиболее подготовленных выпускников колледжей и техникумов по сокращенным срокам обучения. Положительным результатом стало неоднократное признание различных специальностей вуза лучшими во Всеукраинских конкурсах.
За годы существования вуза как самостоятельного учебного заведения его выпускниками стали более 50 тысяч специалистов. Среди наиболее известных сотрудников заслуженные деятели науки, техники и образования СССР, Российской Федерации, Украины и Автономной Республики Крым: профессора П. Т. Болгарев, П. И. Богдан; академик Всесоюзной академии сельскохозяйственных наук имени В. И. Ленина В. Л. Мазлумов; члены-корреспонденты Всесоюзной академии сельскохозяйственных наук имени В. И. Ленина М. И. Долгилевич и В. Л. Колесников; академики Украинской Академии аграрных наук Ф. Ф. Адамень и С. Ю. Дженеев.
Основной костяк преподавателей сформировался на базе девяти научных школ. В агрономии: «Полеводство юга Украины» (руководитель – профессор П. И. Богдан); «Технология выращивания сортов озимой пшеницы и кормовых культур» (руководитель – профессор Е. В. Николаев); «Удобрение сельскохозяйственных культур» (руководитель – профессор А. С. Тулин). В плодоовощеводстве и виноградарстве: «Овощеводство юга Украины» (руководитель – профессор В. Я. Борисов); «Система ведения виноградарства в Крыму» (руководитель – профессор П. Т. Болгарев); «Южное плодоводство» (руководитель – профессор А. П. Драгавцев). В механизации сельского хозяйства – «Перспективные способы обмолота зерновых на корню» (руководитель – профессор П. А. Шабанов). В аграрном менеджменте – «Теоретические основы аграрного менеджмента» (руководитель – профессор Ю. Н. Новиков). В ветеринарной медицине: «Диагностика и терапия животных» (руководитель – профессор И. П. Кондрахин). Существенный вклад в подготовке профессорско-преподавательского состава вуза также сыграли профессор В. П. Гордиенко, профессор Б. В. Криштофорова, член-корреспондент Украинской Академии аграрных наук, профессор Н. М. Макрушин. За выдающиеся заслуги в развитии сельскохозяйственного производства девяти выпускникам вуза присвоено высокое звание Героя Социалистического Труда.